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医保账户余额跟缴纳的不一致，原因在于：

首先，医保是包括个人账户和统筹账户的，其次，医保保费是由单位和职员共同缴纳的。而进入医保个人账户的钱，则是个人所缴纳的部分，单位缴纳的部分则是进入到了医保统筹账户中，因此会出现医保账户余额和缴纳的保费不一致的情况。

此外，如果是灵活就业社保，则个人缴纳的医保保费会全部进入医保个人账户中，统筹账户则没有进账。